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Die Zuordnung der Reptilien zu bestimmten Gruppen oder Unterklassen erfolgt in erster Linie aufgrund des Schädelaufbaus und der Öffnungen innerhalb des Schädelknochens.

Die frühen Reptilien besaßen wie ihre Vorfahren, die Amphibien, einen massiven Schädel, der nur die Öffnungen für Augen und Nase hatte, ansonsten aber geschlossen war. Daher werden sie als anapsid bezeichnet; die Echsen mit anapsiden Schädeln heißen dementsprechend Anapsida. Die Beißmuskulatur war an der Unterseite des oberen Schädelteils befestigt.
Zu den Anapsida werden die Amphibien und frühen Reptilien gerechnet.

Mit der Zeit bildeten viele Reptilienarten Öffnungen innerhalb des Schädelknochens aus, die mit elastischen, sehnenähnlichen Membranen (dünnen, gespannten Häutchen) gefüllt wurden, an die ebenfalls Kiefermuskeln ansetzen konnten, um die Beißkraft des einzelnen Tieres zu stärken. Dadurch verringerten diese Echsen ihr Schädelgewicht. Nach dem Tod des jeweiligen Tieres verwesten diese Membranen sehr schnell und ließen Schädel mit Schläfenöffnungen zurück.

Synapsida

Der andere Zweig der Echsen entwickelte sogenannte synapside Schädel. Dieser Typ besaß hinter dem Auge nur eine weitere Öffnung und zwar ziemlich weit unterhalb der Schläfen.
Zu den Synapsida werden die Säugetierähnlichen Reptilien gerechnet.

Echsen-Schädel

Mit der Zeit wurde der Schädel bei einigen Echsen noch leichter und beweglicher, da auf beiden Seiten des Kopfes das Knochenstück unterhalb des unteren Auges wegfiel.

Vogel-Schädel

Die Vögel wandelten den diapsiden Schädel ab und entwickelten aus diesen zwei Schläfenöffnungen ein großes Schädelfenster.

Schlangen-Schädel

Einen noch beweglicheren Kiefer entwickelten schließlich die Schlangen, da bei ihnen auch das Knochenstück zum oberen Schläfenfenster verschwand. Das ermöglichte ihnen ein weites Aufreißen des Mauls.

Säuger-Schädel

Die Nachfahren der Säugetierähnlichen Reptilien - die Säuger - vergrößerten die eine Öffnung hinter dem Auge und gelangten somit zu einer größeren Beißkraft.

Euryapsida

Es gibt aber auch Echsenarten, bei denen eine eindeutige Zuordnung schwerfällt. So besaßen die ausgestorbenen, ebenfalls aus dem Mesozoikum stammenden meeresbewohnenden Reptilien wie Nothosaurier, Plesiosaurier, Ichthyosaurier und Placodontier sogenannte euryapside Schädelformen, die eine Öffnung hoch über den Schläfen besaßen. Diese Schädelform existiert heute nicht mehr, sondern war eine Eigenart der Meeresreptilien, so dass mit dem Aussterben der Meeressaurier auch diese Schädelform verschwand. Vermutlich entwickelten sich die Euryapsiden aus diapsiden Formen.
In der Systematik werden sie teilweise in der Unterklasse Diapsida eingeordnet.