Bakker (und einige andere KollegInnen) kämpfen jedoch seit einigen Jahren darum, das Kladogramm den neuen Erkenntnissen anzugleichen und verweisen auf die inzwischen teilweise recht detaillierte Kenntnis über die Stammesgeschichte einiger Dinosauriergattungen. Statt rein von Äußerlichkeiten auszugehen, sollten Kladogramme die verwandtschaftlichen Beziehungen (soweit bekannt) in den Vordergrund rücken. Somit wird eine Überarbeitung der systematische Einordnung bekannter Dinosauriergattungen erforderlich.

Während u.a. Gregory Paul dafür eintritt, sämtliche Pflanzenfresser (ohne Rücksicht auf die bisherige Einteilung in Saurischia und Ornithischia) in eine Gruppe und die Fleischfresser in eine andere Gruppe zusammenzufassen, bevorzugt die Mehrheit der Wissenschaftler ein Kladogramm, das die phylogenetischen Beziehungen der Dinosaurier untereinander berücksichtigt.

Im Zuge dieser Neusystematisierung kommt auch dem Begriff "DINOSAURIA" als legitimer Klassifizierungsbegriff neue Bedeutung zu, der in der traditionellen Klassifizierung nur ein inoffizielles Dasein führte. Begründet wird die Zusammenfassung aller Dinosauriergattungen unter dem Oberbegriff "Dinosauria" mit den einmaligen Merkmalen, die allen Dinosauriern gemeinsam sind, und die sie von den anderen Archosauriern unterscheiden. Auch die Vögel werden in Anbetracht der neuen Erkenntnisse in die Gruppe der Dinosaurier eingeordnet (obwohl einige wenige Stimmen sich eher für den umgekehrten Schluss aussprechen: die Theropoden zu den Vögeln zu rechnen, und nicht die Vögel zu den Dinosauriern).

Durch die Berücksichtigung stammesgeschichtlicher Beziehungen lassen sich die Dinosauriergruppen nicht mehr so übersichtlich darstellen, wie in der traditionellen Weise, zumal neue Gruppen, die ohne erkennbaren Zusammenhang zu den anderen Dinosauriergruppen existieren, hinzugekommen sind, bzw. oftmals das verwandtschaftliche Hintergrundwissen bei einzelnen Dinosauriergattungen fehlt.

Aufgrund der teilweise noch uneinheitlichen Meinung über bestimmte Abstammungen einzelner Dinosauriergattungen, gibt es zur Zeit über 150 - in Details unterschiedliche - Kladogramme, die die Dinosaurier systematisch einordnen. Die hier aufgeführte Klassifizierung richtet sich in erster Linie nach dem auf dinosauricon.com veröffentlichten Kladogramm.

(Die nachfolgende Auflistung ist etwas vereinfacht dargestellt.
Aus Gründen der Übersichtlichkeit wurde hier mit farblicher Hervorhebung gearbeitet. Die genannten Dinosauriergattungen sind nicht vollständig oder repräsentativ aufgezählt worden, sie sollen lediglich dem groben Überblick dienen.)