Historische Aufzeichnungen verzeichnen in den USA eine Dürre von 1890 is 1896. Dieser Umstand führte zu einem Umdenken, was die Aufgaben des U.S. Geological Survey betraf. So sollte sich das Vermessungsamt mit dem Planen von Stauseen und Bewässerungsprojekten befassen und nicht mehr nur die westlichen Gebiete erforschen. Powell jedoch konnte diese ersten Ambitionen, den U.S. Geological Survey umzugestalten, abwehren.

1892 setzte dann eine Rezession ein, die 1893 zu einem Börsencrash führte. Die anschließende wirtschaftliche Depression hielt bis 1897 an. Die Rezession führte zu diversen Budget-Kürzungen, auch beim U.S. Geological Survey, vor allem bei den Ausgaben für das Gebiet der Paläontologie. Diese seien eine reine Verschwendung von Geld und sollten privat finanziert werden und von Hochschulprofessoren betrieben werden, die umsonst forschten, lauteten die Forderungen. Vor allem Marshs umfassende Monographie über die Odontornithes, die Zahnvögel, gelangte in den missbilligenden Blick der Kongressabgeordneten. Dass Marsh diese selbst finanziert hatte, ging in der Debatte um Budgetkürzungen unter. Sein Renommee hatte während der Zeitungsfehde von 1890 ohnehin mächtig gelitten.

Dem U.S Geological Survey wurden also erhebliche Mittel für die Paläontolgie gestrichen, und Marsh erhielt am 20. Juli 1892 als Information darüber nur ein kurzes Telegramm von Powell mit den Worten:

"Appropriation cut off. Please send your resignation at once."
("Die Bewilligung wird eingestellt. Bitte senden Sie Ihren Rücktritt sofort.")

Damit war Marsh seinen Posten als Wirbelpaläontologe des U.S. Geological Survey los − einschließlich seiner 4000 US-Dollar Jahresgehalt und seines vierundfünfzigköpfigen Paläontologen-Teams.

Zudem blieb von der 1893 einsetzenden wirtschaftlichen Depression auch das einstmals große Peabody-Vermögen, das Marsh immer finanziell unterstützt hatte, nicht verschont, sodass die Unterstützung eingestellt wurde. Um dennoch weiter über die Runden zu kommen, bewarb er sich in Yale um ein Gehalt und verpfändete sein Haus an die Universität. Es blieb ihm kaum noch Geld, neue Fossilien zu erstehen, geschweige denn, diese intensiv zu erforschen.

Die Zeitungsfehde im New York Herald hatte ihm darüberhinaus noch einen Ruf als Plagiator, Scharlatan und Tyrann eingebracht, was seiner Berühmtheit und seinem Selbstbewusstsein mächtig zusetzten.

Während Marsh seine Entlassung aus dem United States Geological Survey erhielt, bekam Cope 1892 das Angebot, für den Texas Geological Survey als Paläontologe zu arbeiten und so erneut Feldarbeiten durchzuführen.

Vielleicht war dieses Angebot wenig verwunderlich, wurde er doch schon drei Jahre zuvor, im ersten Jahrbuch des Geological Survey of Texas aus dem Jahr 1889, namentlich erwähnt und gelobt, obwohl er selbst noch gar nicht zur Gesellschaft gehörte. Allerdings hatte Cope bis dahin schon diverse ausgestorbene Tiere aus Texas in seinen wissenschaftlichen Artikeln beschrieben:

"Professor E.D. Cope, of Philadelphia, has published accounts of the fossil vertebrates of Central and Eastern Texas, and has added greatly to our knowledge of the subject in these regions."
("Professor E.D. Cope aus Philadelphia hat Berichte über die fossilen Wirbeltiere von Zentral- und Osttexas veröffentlicht und damit unser Wissen über dieses Thema in diesen Regionen erheblich erweitert.")

Freudig erregt nahm Cope das Angebot an und konnte so seine Sammeltätigkeiten zu einem Zeitpunkt wieder aufnehmen, als diese für Marsh zuende gingen. Es wird Marsh sicherlich schwer zugesetzt haben, als er im vierten Jahrbuch aus dem Jahr 1892 lesen musste:

"Prof. E. D. Cope, in company with Prof. Cummins, made a collecting tour along the eastward facing scarp of the Llano Estacado for the purpose of securing vertebrate fossils from the Blanco and Triassic beds. The trip was an eminently successful one, and resulted in the discovery of a fauna somewhat different from any hitherto recognized in America. This has been described and figured, and Prof. Cope's report on it forms a portion of this Report."
("Prof. E. D. Cope unternahm in Begleitung von Prof. Cummins eine Sammeltour entlang des nach Osten gerichteten Steilhangs des Llano Estacado, um Wirbeltierfossilien aus den Blanco- und Trias-Schichten zu sichern. Die Reise war außerordentlich erfolgreich und führte zur Entdeckung einer Fauna, die sich von allen bisher in Amerika bekannten unterscheidet. Diese wurde beschrieben und abgebildet, und Prof. Cope's Bericht darüber bildet einen Teil dieses Berichts.")