Nach Beendigung der Zusammenarbeit mit dem U.S. Geological Survey arbeitete Cope unermüdlich weiter, sammelte und kaufte Fossilien für seine Monographien und gab dabei viel Geld aus. Als die Zeitschrift The American Naturalist in Salem, Massachusetts 1878 zum Verkauf stand, kaufte er Anteile davon und übernahm zusammen mit Professor A.S. Packard die Redaktion derselben. Vorher verlegte er sie noch nach Philadelphia. Finanziell gesehen war der Besitz der Zeitschrift eher ein Desaster, allerdings half sie Cope dabei, seine Meinung zu diversen aktuellen wissenschaftlichen und gesellschaftlichen Themen zu verbreiten.

Um seine finanziellen Möglichkeiten zu erhöhen, investierte Cope 1881 das Geld, das er 1875 von seinem Vater geerbt hatte − immerhin mehr als eine Viertelmillion Dollar − in Silberminen in Mexiko. Leider warfen die Minen nicht so viel Gewinn ab wie erhofft und versiegten schließlich ganz. 1886 musste Cope sich schließlich eingestehen, dass sämtliche Ersparnisse für immer verloren waren.

Immerhin besaß er noch seine umfangreiche Fossiliensammlung, in die er rund 80.000 Dollar seines Privatvermögens gesteckt hatte und deren Wert er durch seine wissenschaftlichen Artikel weiter steigerte. Und so schrieb er an seine Frau:

"My entire future in a financial sense... depends on that collection so far as I can see now."
("Meine gesamte finanzielle Zukunft... hängt von dieser Sammlung ab, soweit ich das jetzt sehen kann.")

Er versuchte einen Teil seiner Sammlung zu veräußern, unternahm aber auch noch weitere Anstrengungen, um wieder an Geld zu gelangen: So vermietete er seine Wohnung in Philadelphia und zog selbst in den angrenzenden Anbau, der zuvor als Arbeitsraum und Lagerstätte seiner Fossilien gedient hatte.

Er bewarb sich an diversen Museen, doch waren seine Bemühungen um eine Arbeitsstelle beim Smithsonian-Museum in Washington, beim Museum of Natural History in New York und bei der Stanford Universität in Kalifornien nicht von Erfolg gekrönt. Schließlich übernahm er jegliche Art von Vorlesungen, selbst religiöse oder philosophische. So konnte er sich und seine Familie immerhin einigermaßen über Wasser halten.

Im Dezember 1889 erhielt Cope dann einen Brief vom Innenminister John W. Noble, dass er all seine Fossilien, die er während seiner Arbeit für den Hayden Survey gesammelt hatte, an das Nationalmuseum der Vereinigten Staaten (und somit an Marsh) zu übergeben habe, da diese Eigentum der Regierung seien. Es wird vermutet, dass Marsh Powell dazu gedrängt hat, dem Innenminister dies vorzuschlagen, obwohl Powell wohl genau wusste, dass Cope unentgeltlich für den Hayden Survey gearbeitet und sein Privatvermögen in die Sammlung der Fossilien gesteckt hatte. Cope war fassungslos.

Da er wohl ahnte, wer letztendlich für diese Aktion verantwortlich war, wandte Cope sich in seiner Not an den New York Herald, um die Machenschaften, die Marsh und Powell in ihren jeweiligen Machtpositionen betrieben hatten, endlich aufzudecken. Er schrieb an Osborn, seinen späteren Biographen:

"When a wrong is to be righted, the press is the best and most Christian medium of doing it. It replaces the old time shot gun & bludgeon & is a great improvement."
("Wenn ein Unrecht berichtigt werden soll, ist die Presse das beste und christlichste Mittel, dies zu tun. Sie ersetzt das alte Gewehr und den Knüppel und ist eine große Verbesserung.")

(Letztendlich behielt Cope aber wohl seine Fossiliensammlung und musste sie nicht unentgeltlich dem Nationalmuseum überlassen.)