1870 hatte sich Cope der Vermessungsgesellschaft von Ferdinand Hayden ("Hayden Survey") angeschlossen, die die Landschaften im Westen der USA topgraphisch erfasste. So konnte er unter dem Schutzschirm der Gesellschaft nach Fossilien graben − unentgeltlich versteht sich.

Zu diesem Zeitpunkt gab es vier unabhängig voneinander arbeitende Vermessungsgesellschaften: eine, die von Ferdinand Hayden geführt wurde, eine von George Wheeler, eine von John Wesley Powell und eine, die von Clarence King geleitet wurde. Das Ergebnis war, dass es Gebiete gab, die zweimal unabhängig voneinander vermessen wurden und Berge, die verschiedene Namen erhalten hatten.

Das führte zu Bestrebungen, die vier Vermessungsgesellschaften in eine Organisation zusammenzuführen − maßgeblich an den Bestrebungen beteiligt waren Powell und Hayden. Powell brachte 1878 den Vorschlag, auch die National Academy Of Science in den Prozess der Zusammenlegung mit einzubeziehen, was dazu führte, dass Marsh − der zu dem Zeitpunkt vorübergehend Präsident der Akademie von Amtswegen war − ein sechsköpfiges Team zusammenstellte unter seiner eigenen Leitung und viele von Powells Vorschlägen, welcher selbst nicht Mitglied des Teams war, aber immer wieder Vorschläge einreichte, übernahm.

Der abschließende Entwurf wurde dann auch mit einer großen Mehrheit von der Akademie angenommen − die einzige Gegenstimme kam von Cope − und an den Kongress weitergeleitet. Im April 1879 wurde dann der United States Geological Survey gegründet, für den sich auch Hayden als Direktor beworben hatte. Obwohl Cope sich für Hayden in Washington stark machte, verhinderte eine Schmuztkampagne gegen Hayden seine Wahl. Zudem setzten sich Powell und Marsh für King als Direktor ein, der diese Stelle letztendlich auch bekam.

King selbst zeigte jedoch wenig Ambitionen, sich in diese Aufgabe einzubringen. Er pflegte einen exklusiven Lebensstil und sah für sich mehr Erfolg im Bergbauwesen. Dementsprechend zog er sich schon im darauffolgenden Jahr zurück und übertrug die Leitung an Powell, der inzwischen eng mit Marsh zusammenarbeitete.

Powell bot Marsh dann zwei Jahre später auch die Stelle des offiziellen Wirbeltier-Paläontologen des U.S. Geological Survey an, welche dieser nach der Zusage, dass die von ihm entdeckten Fossilien in seinem Besitzen bleiben würden, auch annahm. Dies brachte Marsh ein zusätzliches Jahresgehalt von 4000 US-Dollar ein und einen vom Staat bezahlten vierundfünfzigköpfigen paläontologischen Stab, der sich aus Voll- und Teilzeitsammlern sowie Laboranten zusammensetzte.

Für Cope hingegen war die Zusammenarbeit mit dem Vermessungsamt im Jahr 1879 beendet, als Hayden seinen Posten verlor und in der zusammengelegten Organisation keine großartige Aufgabe mehr übertragen bekam.

Zuvor war ihm jedoch noch zugesagt worden, dass das Vermessungsamt seine Ergebnisse aus den Expeditionen mit Hayden in einem Buch unter dem Titel "The Vertebrata of the Tertiary Formations of the West" veröffentlichen würde. Dies geschah im Jahr 1884 − und Powell, der für die Veröffentlichung zuständig war, wurde von dem Umfang vollkommen überrascht. Das Buch hatte mehr als 1000 Seiten, wog rund sieben Kilogramm und beschrieb rund 350 fossile Säugetier- und Reptilienarten aus dem Bridger Basin in Wyoming, den John Day Fossil Beds in Oregon, dem Puerco in New Mexico und den White River Badlands in South Dakota. Die Kosten für den Druck überstiegen deutlich alles, was für ein "normales" Buch ausgegeben werden musste. Daher war Powell auch nicht bereit, die beiden Folgebände noch zu veröffentlichen, obwohl Cope an diversen Stellen vorsprach. Es blieb das einzige umfassende Werk Copes, das umgangssprachlich auch als "Copes Bibel" bezeichnet wird.